El Instituto se concentra en cuatro grandes áreas temáticas como ejes principales. En esos temas da atención a ministerios, instituciones descentralizadas, y a dependencias interesadas en el desarrollo sostenible.

1.Evaluación de Impacto Ambiental (EIA): Desarrollar procesos metodológicos para la evaluación de impacto ambiental que integre la valoración económica y el análisis costo - beneficio, el desarrollo de indicadores de evaluación y mejore las capacidades institucionales para la gestión de proyectos de desarrollo que tomen en cuenta de manera adecuada sus implicaciones sobre el ambiente natural, la dinámica económica y el desarrollo social.

Promover la creación de capacidades institucionales e instrumentales para procesos de desarrollo social sustentable, mejorando la Evaluación de Impacto Ambiental como herramienta de gestión por excelencia.

2.Programa de Pago por Servicios Ambientales: Desarrollar procesos para la comprensión, la evaluación y la valoración económica de servicios ambientales de los ecosistemas, para impulsar la implementación de Programas de Pago por Servicios Ambientales en el marco de la conservación de la biodiversidad.

Promover la aplicación del mecanismo de Pago por Servicios Ambientales en las diversas actividades económicas como formas de establecer el reconocimiento social de la relación entre los ecosistemas y la economía para la sostenibilidad del desarrollo.

3. Evaluación del Daño Ambiental: Desarrollar herramientas metodológicas para la evaluación biofísica y económica del daño ambiental con el fin de impulsar la creación de capacidades institucionales en la gestion integral del daño ambiental ocasionado por proyectos de desarrollo.

Apoyar procesos orientados a la consolidación institucional y social de la gestión del Daño Ambiental como mecanismo para el resguardo de la calidad y la cantidad de los ecosistemas naturales que favorecen el desarrollo de las actividades productivas y el nivel de bienestar de la sociedad en el largo plazo.